基于神威太湖之光的NAMD软件的移植与优化

来源 :计算机工程与科学 | 被引量 : 0次 | 上传用户：smilepk

【摘要】

：

纳米级粒度分子动力学NAMD是基于Charm＋＋并行编程模型的开源免费分子动力学模拟软件，能够在大规模并行计算机上快速模拟百万原子级别的大分子体系。太湖之光是中国自主研发的超

【作者】

：

姚文军陈俊仕苏志超余洋廖陈志安虹

【机构】

：

中国科学技术大学计算机系科学与技术学院

【出处】

：

计算机工程与科学

【发表日期】

：

2017年6期

【关键词】

：

分子动力学模拟神威超级计算机异构多核处理器 molecular dynamics （MD） Sunway supercomputer heterogen

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纳米级粒度分子动力学NAMD是基于Charm＋＋并行编程模型的开源免费分子动力学模拟软件，能够在大规模并行计算机上快速模拟百万原子级别的大分子体系。太湖之光是中国自主研发的超级计算机，峰值性能为125．4Pflop／s，共有1000多万个核心，整机Linpack效率不低于70％。NAMD在空间上对原子进行划分，在计算上对力进行划分，充分曝露出单步模拟的并行度，并通过CHARM＋＋对负载平衡进行调控。针对NAMD进行模拟计算时的特点，移植并优化了NAMD的核心计算代码，让其能够更好地运行在超级计算机神威太湖

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