利用转录组数据挖掘枸杞雄性不育相关基因

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目的探知宁夏枸杞雄性不育发生涉及的相关基因。方法以雄性不育品种‘宁杞5号’和正常可育品种‘宁杞1号’单双核花粉时期花药为材料,构建cDNA文库,IlluminaHiSeq2500高通量平台进行转录组测序。结果组装得到14154条Unigenes序列,在错误发现率(falsediscoveryrate,FDR)<0.05且差异倍数(foldchange,FC)≥2的条件下,获得3012个差异表达基因(differentiallyexpressedgenes,DEGs),其中,有2327个DEGs在NCBI的非冗余蛋白质数据库(non-redundantproteindatabasse,NR)、基因本体数据库(geneontology,GO)、直源同源群集数据库(clustersoforthologousgroups,COG)、基因功能和代谢途径数据库(Kyotoencyclopediaofgenesandgenomes,KEGG)、真核同源群数据库(euKaryoticorthologousGroups,KOG)、去冗余的蛋白序列数据库(swissprotproteindatabase,Swiss-Prot)等数据库中有注释信息。相对于‘宁杞1号’,在‘宁杞5号’中有1019个DEGs上调,1993个DEGs下调。GO分析表明,1116个DEGs被注释到生物学过程、细胞组分和分子功能中;此外,693个DEGs富集到KEGG数据库的50条代谢通路。结合PubMed文献库检索,筛选到细胞色素P450类蛋白(cytochromeP45098A3-like,CYP450)、受体蛋白激酶(receptor-likeproteinkinase,RPK)、果胶裂解酶(pectatelyase-like,PLL)、查耳酮合酶(chalconesynthase,CHS)、花药特异蛋白(anther-specificprotein,ASP)等23个参与雄性不育相关基因,选取其中9个基因进行qRT-PCR分析,结果与转录组测序基因表达趋势一致。结论研究结果为进一步通过转基因技术验证基因功能提供了候选基因,为解析宁夏枸杞雄性不育发生的分子机制提供了研究基础。
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