【摘 要】
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随着重建的基因组规模代谢网络越来越多,自动化的生物化学途径分析方法显得越来越重要,已经有多种基于此的途径分析工具开发出来了.其中,Pathway Hunter Tool(PHT)是主要用于
【机 构】
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江南大学信息工程学院,华中农业大学农业微生物国家重点实验室,江南大学生物工程学院工业生物技术教育部重点实验室
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随着重建的基因组规模代谢网络越来越多,自动化的生物化学途径分析方法显得越来越重要,已经有多种基于此的途径分析工具开发出来了.其中,Pathway Hunter Tool(PHT)是主要用于分析代谢网络的最短路径、代谢物和酶负载点和瓶颈,以及计算相关统计学数据(如平均路径长度、平均节点连接度等)的工具.本文首先简介PHT,随后用它分析E.coli K-12MG1655代谢网络中α-D-葡萄糖和丙酮酸之间的最短路径及其代谢网络的瓶颈,最后计算4种典型生物的平均路径长度、平均节点连接度以及它们代谢网络中节点连接度最高的10种代谢物.结果表明它的分析与计算快速、准确,加之其用户界面友好、便于操作,因此可以作为代谢途径分析的强有力工具.
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