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我国高等学校在将筹集的各来源渠道教育经费配置转化为具体经费支出过程中，面临着经费的对象性支出、功能性支出和具体产品性支出的三维协调和冲突。这些多维冲突又集中体现为经费预算配置决策过程中的优势与一般、教学与科研、效率与公平、行政与学术等方面的冲突。为此，高等院校应进一步完善高校内部财务治理，构建科学的校内财务决策机制；加强财务信息报告披露，使经费配置目标与绩效挂钩。