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目的评估黑龙江省基层医疗机构新农合分级诊疗制度的运行效果。方法通过分析黑龙江省B县和FZ县不同级别医疗机构的诊疗人次及费用分布情况、基层医疗机构的转诊人次及疾病、分级诊疗制度实施前后基层医疗机构的运行情况,对分级诊疗制度的运行效果进行评估。结果患者的就医习惯阻碍了基层首诊的有效运行;病种限制政策实施难度较大;同时存在上转容易下转难、为规避风险推诿病人的现象。结论 "小病在基层,大病到医院,康复回社区"的就医格局有待进一步完善。