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建设创新型国家是我国的既定国策。改革开放三十多年来,我国各级政府对科学研究的投入力度持续增强,其投入产出的绩效如何成为关系到创新型国家能否成功创建的关键环节。本文从时间序列、区域差异和行业差异三个层面在对我国科学研究投入水平的一般状态分析的基础之上,通过数据包络分析方法分别对科学研究投入产出的纵向、横向绩效进行评价,并得出相应的研究结论,进而提出促进我国科学研究的投入产出绩效以及创新环境形成的具体政策思路、建议及制度安排。