为了探讨大型河流中的eDNA监测效率,以长江为大型河流的代表,以鱼类为水生生物的代表,分析传统捕捞监测和eDNA监测结果的差异,研究eDNA监测技术对长江武汉江段鱼类组成的监测能力、监测效率、平行样设置等问题.结果显示:(1)用1对eDNA宏条形码引物(mlCOIintF/jgHC02198R)共监测到89种鱼类,其中30种可与历史捕捞调查记录互相确认,另外59种需要更完善的条形码数据库来解决序列比对注释问题;(2)9月在武汉监测断面,可用单引物(mlCOIintF/jgHC02198R)eDNA监测到的物种最优估计约99种,单样品eDNA监测的鱼类物种检出能力约为26种,检出效率约为25.8％;(3)在80％的检出度目标下,需要约10个平行样,在95％的检出度目标下,需要约17个平行样.本研究在长江武汉江段鱼类eDNA监测效率和平行样设置的相关量化结果可为长江其他断面及其他大型河流的eDNA监测提供量化参考.同时,本研究表明,更完善的DNA宏条形码数据库和合适的平行样设置是未来eDNA监测作为常规监测手段进行运用的前提.