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以我国医药行业产学研合作创新为现实背景,构建两家相互竞争的制药企业与学研机构的双边纳什议价模型,分析企业的创新价值和议价能力对联盟成员绩效的影响,探讨合作创新对药品价格、企业市场份额、经营绩效和社会福利的影响,研究制药企业创新战略的选择决策及创新对企业可能的危险。通过模型分析,得到如下结论:产学研合作创新能够提高社会总福利,但不一定提高制药企业的绩效和药品的价格;议价能力强的制药企业不一定总是获得高利润,企业最终的利润受到企业自身及竞争者的议价能力、创新价值的共同影响;虽然产品创新能够提高消费者的购买意愿,但盲目跟风创新可能会带来双输的结果。本研究对促进医药行业的产学研合作,提高产学研合作的有效性具有现实意义。