用耐高温逆转录以及套式聚合酶链反应方法，对HDV中国湖南株基因组高变区1642～417片段（D1），以及保守区681～895片段（D3）进行扩增，用荧光法直接测序，对其进行序列分析。D1片段除去引物外可判读222nt（1662～197），D3片段除去引物还有176nt（701～875）。两段序列分别与美国株、意大利株、日本株以及中国河南株进行了比较。结果显示，中国湖南株高变区1662～197片段（D1）与日本株的同源性仅为44.06%，与意大利株的同源性相对较高，但也仅为72.57%。日本株在该片段的同源性特别低，而中国河南株在该片段的同源性并不特别低。各株之间在该片段的同源性仅为44.06%～72.56%，说明HDV基因组1662～197片段是高变区。中国湖南株D1片段与其它各株的同源性为44.06%～72.57%，且与中国河南株同源性也仅为62.61%，提示中国湖南株可能系一新的亚型。各株之间在701～875片段（D3）的同源性较高，中国湖南株与意大利株更为接近（93.03%），而与中国河南株（91.82%）、美国株（89.54%）和日本株（89.54%）的同源性相对较低。各株之间的同源性比较接近，提示HDV基因组701～875片段是相对保守区。同源性的高低与地理位置分布不一致，其原因有待进一步研究。