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水安全问题的复杂性决定了其研究方法的重要性。“综合集成方法论”是著名科学家钱学森在总结科学发展历程基础上，针对复杂问题所提出的重要研究思想与研究方法。在水安全研究方面．通过引入“综合集成思想”，从方法论层面对水安全这一复杂巨系统研究作出全面、透彻的分析，指出了水安全研究中存在的主要问题．提出了水安全研究综合集成方法，建立了水安全评价指标体系，以期对今后的水安全研究提供重要参考。