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对柔膜菌科部分属的18S rDNA、28S rDNA和MCM7基因进行序列分析,初步探讨了该科属间的系统发育关系。结果表明,同属的不同种表现出较高序列相似性,聚类在一起,分别形成独立的分支,从而说明这些属的概念比较清晰。但是,柔膜菌科的参试属并没有聚类在一起,其中部分属似乎与其他科的关系更近,表明该科并非单系群。