【摘 要】
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目的了解2010-2012年广州地区腹泻患者的博卡病毒的分子变异情况。方法采用普通RT-PCR方法扩增2010-2012年14例人博卡病毒全基因组序列并测序,利用生物信息学软件分别对测序
【机 构】
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中山大学临床检验标准化研究中心,中山大学中山医学院微生物教研室,中山大学热带病防治研究教育部重点实验室,广东省重大传染病预防和控制中心,广东省人民医院,中山大学公共卫生学院医学统计与流行病学教研室,
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目的了解2010-2012年广州地区腹泻患者的博卡病毒的分子变异情况。方法采用普通RT-PCR方法扩增2010-2012年14例人博卡病毒全基因组序列并测序,利用生物信息学软件分别对测序标本的全基因组和编码基因NS1、NP1和VP1/VP2序列进行比对和分析,了解广州地区人博卡病毒的进化变异特征。结果 14例HBo Vs全基因组长约5.2 kb,包含3个开放阅读框(ORF),编码3种蛋白:NS1、NP1、VP1/VP2。其中NS1基因高度保守,VP1/VP2有一些变异,但基于VP1/VP2序列进行的进化分析得到的结果与全基因组分析得到的结果一致。所有14例HBo V病毒株同属于HBo V1型,且没有发生明显的变异。结论2010-2012年广州地区分离到的14例人博卡病毒株同属于HBo V1型,没有发生明显的变异;NS1基因高度保守,VP1/VP2变异率相对较高,且进化分析结果与全基因组进化分析结果一致,可用于监测HBo V的变异。
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