基于Memetic优化的智能DNA序列数据压缩算法

来源 :电子学报 | 被引量 : 9次 | 上传用户：ning211

【摘要】

：

提出近似重复矢量(Approximate Repeat Vector,ARV)模型用于DNA序列冗余片段的描述.通过将数据生物信息学特征引入压缩预处理,并使用ARV矢量构造编码码本,提出了非对称DNA序列压缩算法BioLZMA-2.算法引入基于粒子群优化的Memetic改进方法CLIPSO-MA用于压缩码本的智能优化设计,有效提升了编码性能.在标准测试序列上的实验结果表明,BioLZMA-2可获得

【作者】

：

周家锐纪震朱泽轩陈思平

【机构】

：

浙江大学生物医学工程与仪器科学学院,深圳大学计算机与软件学院,深圳市嵌入式系统设计重点实验室

【出处】

：

电子学报

【发表日期】

：

2013年03期

【关键词】

：

DNA序列数据压缩生物信息学近似重复矢量 MEMETIC算法 DNA sequence data compression bioinformatics

【基金项目】

：

国家自然科学基金（No.61171125,No.60872125,No.61001185,No.61211130120）,霍英东高等院校青年教师基金基础性研究课题,教育部重点研究项目,广东省自然科学基金（No.10151806001000002）,深圳市杰青项目

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