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采用双向聚丙烯酰胺凝胶电泳和质谱技术对天麻染菌球茎皮层和不染菌的新生球茎皮层进行了比较蛋白质组分析与鉴定。双向电泳后在分子量12~97kD、等电点3~10范围内,每块胶分离到约900个蛋白质点。对新生球茎中表达量明显增加的5个蛋白质点用基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)进行肽质量指纹谱的分析,并通过检索不同的数据库进行蛋白质鉴定与功能预测,初步认为第4号蛋白点是一个与转录有关的RNA结合蛋白。同时本文在天麻蛋白质组样品制备、数据库检索策略以及蛋白质鉴定成功率等方面进行了探讨。