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采用SSR分子标记技术对来自12个组合的62份稳定彩色棉新品系进行分子变异分析。结果表明．从242对SSR中筛选出的29对多态性引物在供试材料中共扩增出198个标记。其中，多态性标记115个，占总标记数的58．1％，这些引物能较好地揭示彩色棉的变异位点。MGHES-6引物扩增的多态性标记最多，其次为BNL2960、CM43和MGHES-66。29对SSR引物的PIC值变化在0．493～0．938之间．平均0．790．说明彩色棉SSR等位基因丰富度较高。基于SSR数据的聚类分析，可将62份新品系分为两大类，