尽管股东协议具备合同的一切属性,其在有限责任公司之中究竟具有何等效力,却绝非单纯的合同法问题;恰恰相反,由于其意图改变公司权力的运行方式,便不可避免地与公司法规则、公司章程、决议内容发生交互乃至冲突,从而需要结合组织法上的原则与理论,方能赋予其公允恰当的法律效力。中国本土的司法实践和主流的公司法域,对于股东协议是否以及在何种程度上享有组织法效力的问题,提出了多种不同的区隔和整合其合同法与组织法效力的方案。考虑到有限责任(闭锁)公司区别于股份有限(公开)公司的独有运行逻辑、团体组织秩序的利益强度与界限,股东协议应当被赋予组织法效力。而在整合私人合同与团体组织秩序的关系中,立法者、司法者应当偏向于实现私人合同自由,从而允许股东协议对公司治理结构进行大幅修改,且有条件地享有相对于公司章程、决议的优先效力。