《中华人民共和国港口法》、《中华人民共和国城乡规划法》及配套法规都对港口工程建设的规划、建设许可和行政处罚等管理内容做出了规定,但在实际工作中,建设单位仍不清楚该向哪个行政管理部门申请许可,行政管理部门对两部法律的理解和适用也存在着分歧。港口工程竣工验收后,建设单位由于对不动产登记相关法规中名词的理解不同,导致无法办理不动产登记手续。基于此,文章以宁波—舟山港为例,通过解读相关法律法规,对港口规划、城乡规划的编制与审批,以及港口工程建设、城乡工程建设的审批与竣工进行系统梳理,分析港口工程建设与城乡工程建设管理的差异,同时指出不动产登记过程中存在的不足。在此基础上,结合现行法律法规,从实际出发,提出规划建设与行政管理之间协作配合的工作思路,并就不动产登记管理与港口工程建设之间的分歧提出解决策略,以此为港口管理与建设提供参考。