基于双边随机边界模型,对战略性新兴产业上市公司投资支出中的融资约束效应与代理成本效应及其净效应进行了研究。实证结果表明:融资约束与代理成本均对战略性新兴产业上市公司投资支出具有重要影响,同时代理成本对投资支出的影响略微高于融资约束;年度效应表明,近五年我国战略性新兴产业上市公司的过度投资程度并没有明显改变。实证结果分析发现,现金流量的增加不仅没有缓解上市公司面临的融资约束,反而使其增加了;而拥有较多的企业自由现金流会造成企业更大的代理问题。另外,不同规模的上市公司之间过度投资程度存在一定的差异,表现为小规模公司过度投资程度超过大规模公司;同时,外部融资约束压力并未改善我国战略性新兴产业上市公司过度投资的境况。为了保证政府对战略性新兴产业扶持的高效率,需要政府适当减少干预力度,建立完善的行业标准,制定科学合理的扶持政策,有效发挥市场监管和外部性矫正的功能。