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为了提高脉冲星辐射脉冲信号辨识的效果和速度，提出了一种基于S变换的脉冲星辐射脉冲信号辨识算法。通过对脉冲星辐射脉冲信号的累积脉冲轮廓进行时频分析得出，在不同观测频率和不同信噪比的条件下，脉冲星累积脉冲轮廓S变换的时频分布图基本不变。基于这种稳定的时频特征，采用最小标准化欧式距离分离器对脉冲星信号进行辨识。实验表明，方法具有良好的抗噪性能，且识别率和运算速度均优于基于小波和双谱算法。