目的 探讨宏基因组二代测序(mNGS)在新发立克次体病诊断中的应用价值.方法 回顾性分析2020年9月至2021年4月于中国人民解放军联勤保障部队第九九○医院感染科住院疑诊为立克次体病并最终经mNGS检测技术确诊为立克次体病的3例患者的资料.结果 3例患者中2例有明确蜱叮咬史,均急性起病,主要表现为发热伴皮疹、头痛、乏力、纳差、全身肌肉酸痛、关节痛等.3例患者外斐试验、布鲁菌病凝集试验、发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒-RNA(SFTSV-RNA)及血培养均阴性,血液mNGS检测到Rickettsia argasii的核酸序列数为160～1739条,基因覆盖率为1.42％～9.79％.患者经多西环素治疗,48 h后体温明显下降,96 h恢复正常,病情恢复后痊愈出院.结论 应用mNGS首次证明Rickettsia argasii这一新型立克次体具有致病作用,临床上应注意与发热伴血小板减少综合征(SFTS)鉴别.mNGS为新发立克次体病的研究提供了重要的手段.临床上高度怀疑立克次体病时,可及时采用多西环素进行经验治疗.