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清水沟金矿床赋存于中元古界熊耳群安山岩中,矿体受F8含金蚀变带控制,在Ⅳ中段和Ⅴ中段为矿区的主要矿带,其中Ⅳ中段是矿区的核心矿带,矿体以延伸小、厚度小、品位高为特征。含金蚀变带中硅化、黄铁矿化与金矿化关系密切,二者呈正相关关系。清水沟金矿床的形成受地层、构造、岩浆岩三者共同控制。构造及热液的共同作用形成了中低温热液型金矿床。