确定咸阳市2018年重症手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)的病原谱构成，对引起重症HFMD的肠道病毒A组71型(enterovirus A group 71 type, EV-A71)的基因进行分析。
方法收集67例咸阳市2018年重症HFMD患者标本，采用实时定量RT-PCR进行HFMD病原体检测，根据VP4区对肠道病毒(enterovirus, EV)进行型别确定；扩增EV-A71的VP1区并进行核苷酸和氨基酸序列分析。
结果67例重症病例中EV核酸检测阳性为30例，其中EV-A71型9例，柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A group 6 type, CV-A6)11例，柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A group 16 type, CV-A16)5例，柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A group 10 type, CV-A10)2例，柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A group 4 type, CV-A4)2例，柯萨奇病毒B组(coxsackievirus B group, CV-B)1例。4株EV-A71型的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为96.7%～99.9%和99.3%～100%。系统进化分析显示4株EV-A71与C4a亚型处于同一分支；4株EV-A71共变异区的6个氨基酸组合模式均为KADSTV；4株EV-A71的抗原决定簇的EF区、GH区与部分代表株一致，但毒株SZK222、SZK497株EV-A71在BC loop区的93位(I93V)发生突变。
结论咸阳市2018年重症HFMD病原主要为EV-A71和CV-A6，其中EV-A71均属于C4a亚型且VP1未发生较大的突变。