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自主控制眼跳是一种受意识控制的眼跳，可用来考察调控眼跳的大脑区域、反应抑制和空间工作记忆等能力。研究自主控制眼跳的脑神经机制可为探讨大脑的高级认知功能提供依据，对于探索一些脑功能失调疾病中异常眼跳的脑神经基础有重要意义。随着神经成像技术的发展，自主控制眼跳的脑神经机制有了较深入的研究，自主控制眼跳需要额叶皮层、皮层下区域和顶叶区域等多个脑区的共同参与，这些脑区参与了自主控制眼跳的不同阶段，而且反向眼跳和记忆导向眼跳由于各自眼跳特征不同分别涉及不同的脑区。未来的研究方向是将研究与神经成像技术相结合，更多地考察参与自主控制眼跳的大脑区域和脑区间的功能连接。