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以典型粳稻(O.sativa ssp.japonica)秋光作为外类群,典型籼稻(O.sativa ssp.indica)南京11号作为对照,对两优培9、培两优288、汕优63三个籼型组合的6个亲本的核糖体基因(nrDNA)的内转录间隔区(ITS)的全序列进行了比较分析,结果表明:供试材料的ITS序列有较丰富的遗传差异,以ITS序列信息构建的系统树能反映出品种间的亲缘关系,3个组合亲本间遗传距离以超级稻两优培九的亲本9311与培矮64S遗传距离最远.