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蔡元培作为北京大学校长所做的贡献主要表现在以下方面：反复阐明和特别强调大学研究学问的基本性质;明确提出和坚决贯彻“兼容并包，思想自由”的学术方针；提出“健全人格”的培养宗旨；认真吸取和大力积聚优质人才；加强文理二科，并注重沟通文理，避免学生“专己守残”之陋习，全面提高学生的科学与人文素养；厉行学制改革；建立“教授治校”的原则，防止以往由校长等少数几个人包办校务的弊端；积极聘请国外著名学者来北京大学和国内讲学。