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由于各地对基金缺乏统一有效的管理，首先各基金统筹级次不高，目前仍以县为主体，自我平衡运行，其次各项基金分处不同行政部门管理，除财政部门负责基金预算执行外，新型农村合作医疗保险由卫生部门管理，其余保险在人保部门内又分为社保局、医保局、农保局、就业局等分别管理。地区界限和多部门分割，造成各自为政，影响社会保险整体规划、协调，分散管理也难以相互调剂和抵御风险，无法发挥基金规模效益和整体功能，机构重叠还造成行政管理成本高、信息沟通效率低等弊端，重复参保和选择性参保问题无法根治。