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以辣椒花蕾和嫩叶为试验材料，对影响辣椒cDNA—AFLP体系的关键因素进行了探讨，建立了适于辣椒基因差异表达的cDNA—AFLP体系。结果表明，Trizol法适用于辣椒花蕾和嫩叶总RNA提取：SMART法合成双链cDNA效率较高；利用TaqI／Asel分步酶切cDNA各3h可酶切完全；连接产物最佳稀释倍数为15倍；预扩产物稀释15倍经选择性扩增，PAGE电泳可以获得带型丰富且重复性好的结果。辣椒cDNA-AFLP反应体系的建立为辣椒基因的差异表达分析奠定了基础。