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为有效提取噪声背景下的海杂波信号，针对实际海杂波信号非线性非平稳的特点，提出基于EMD算法对实测海杂波数据去噪。对噪声水平未知条件下，EMD算法分解的哪些内蕴模式是信号部分难以有效界定的问题，提出基于噪声主要在高频段且能量较小、信号能量主要集中在低频段思想的噪声判断准则。为验证EMD去噪效果，将该算法对含有噪声的海杂波实测数据进行去噪，采用信噪比和均方差两项指标衡量去噪效果，并与均值、中值、db2小坡等去噪方法对比，EMD算法在这两项指标均优于其他算法，说明EMD算法对海杂波数据去噪是有效的。