选取2008—2015年中国医药制造业上市公司148家企业的面板数据,建立PVAR模型,运用脉冲响应函数和方差分解等分析方法,研究不同政府补贴方式与研发投入和创新绩效之间的动态交互效应,以及该效应在国企和非国企之间的差异。结果表明:(1)相对于支持型政府补贴,奖励型政府补贴更能促进企业的研发投入和创新绩效;反过来,创新绩效促进奖励型政府补贴,两者相互促进;而研发投入抑制奖励型政府补贴,且这种交互作用国企比非国企更显著。(2)支持型政府补贴挤出研发投入但促进创新绩效,反过来研发投入促进支持型政府补贴,而创新绩效抑制支持型政府补贴,且这种交互作用非国企比国企更显著。(3)研发投入与创新绩效相互促进,且非国企比国企更显著。本文的研究结论可为政府补贴政策和企业创新研发决策的制定和完善提供参考和借鉴。