【摘 要】
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目的 了解柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10,CV-A10)总体的分子流行病学及时空进化规律.方法 对美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)中2020年4月10日前提交的所有完整VP1序列进行分析.采用最大似然法(maximum likelihood,ML)构建系统进化树,采用贝叶斯因子法(Bayes factor,BF)分析平均碱基替换速率、最早共同祖先和起源进化,采用贝叶斯天际线图(Bay
【机 构】
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上海生物制品研究所有限责任公司,上海 200051;中国食品药品检定研究院肝炎病毒疫苗室,北京 102629;中国食品药品检定研究院肝炎病毒疫苗室,北京 102629;上海生物制品研究所有限责任公司,
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目的 了解柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10,CV-A10)总体的分子流行病学及时空进化规律.方法 对美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)中2020年4月10日前提交的所有完整VP1序列进行分析.采用最大似然法(maximum likelihood,ML)构建系统进化树,采用贝叶斯因子法(Bayes factor,BF)分析平均碱基替换速率、最早共同祖先和起源进化,采用贝叶斯天际线图(Bayesian skyline plot,BSP)方法分析群体动态历史,采用EasyCodeML 1.2软件对不同序列集进行选择压力分析.结果 1950-2018年CV-A10分为A～F共6个基因型,其中C基因型分为C1～C3基因亚型.CV-A10于1865[95％的最大密度置信区间(95％highest probability density interval,95％HPD interval):1818.82-1908.34]年起源于美国,约在 1990年传播至中国大陆,2010-2018年在世界范围广泛传播.在2009年和2014年,CV-A10出现两次显著的种群扩张,且2018年后有效种群大小为98.79,显著高于以前.CV-A10每年的平均碱基替换速率为4.66×10-3(95％HPD interval:3.97×10-3～5.35×10-3).2008年后,我国大陆的优势株为C3基因亚型毒株,该亚型毒株的起源可追溯到2006.19(95％HPD interval:2005.32-2006.99)年.筛选到6个位于VP1区的正选择压力位点,分别为140E、141E、220T、239E、282A和284T.结论 本研究中CV-A10分为A～F型,C基因型分为C1～C3基因亚型.CV-A10起源于1865年的美国,曾出现两次种群扩张.筛选到的220T、239E、282A和284T可能与病毒进入及中和表位有关.
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