[目的]本文旨在评价二倍体异色菊和菊花脑种间杂交F₁代的耐旱性和遗传多态性,为育种材料筛选提供参考依据。[方法]通过盆栽模拟干旱处理测定异色菊×菊花脑种间杂交F₁代的萎蔫指数、叶片相对含水量、株高、根长、地下部鲜质量、地下部干质量、地上部鲜质量、地上部干质量、鲜质量根冠比和干质量根冠比等10个形态指标,通过主成分分析和隶属函数法鉴定耐旱性,利用SSR分子标记研究其遗传多态性,并实施关联分析。[结果]干旱胁迫下异色菊×菊花脑种间杂交F₁代群体数量性状表现差异较大,变异系数为10.99%～59.84%。主成分分析将10个形态指标归纳为4个主成分,可以解释67.57%的表型变异,其中地上部干质量、地下部干质量、地上部鲜质量、地下部鲜质量、萎焉指数和干质量根冠比的权重较大,说明与耐旱性密切相关;基于这6个耐旱相关指标平均隶属函数值的聚类分析将供试材料分为强抗旱、抗旱、低抗旱和不抗旱4类,平均隶属函数值为0.61、0.46、0.36和0.27。33对EST-SSR引物共扩增出198条带,其中多态性带170条,多态性比率为85.8%,相似系数为0.45～0.86,平均值为0.7;基于多位点关联分析方法挖掘到4个SSR位点与地上部干质量、地下部鲜质量和萎焉指数3个耐旱相关指标显著关联（LOD>2.5）,表型变异解释率为4.03%～15.11%。[结论]初步明确了异色菊×菊花脑种间杂交F₁代群体耐旱性和遗传多态性水平,获得一批优异耐旱种质,将为菊花耐旱性遗传改良提供重要材料。