全基因组关联分析(GWAS)是动植物复杂性状相关基因定位的常用手段.高通量基因分型技术的应用极大地推动了GWAS的发展.在植物中,利用GWAS不仅能够以较高的分辨率在全基因组水平鉴定出各种自然群体特定性状相关的基因或区间,而且可揭示表型变异的遗传架构全景图.目前,人们利用GWAS分析方法已在拟南芥(Arabidopsisthaliana)、水稻(Oryza sativa)、小麦(Triticum aestivum)、玉米(Zea mays)和大豆(Glycine max)等模式植物和重要农作物品系中发掘出与各种性状显著相关的数量性状座位(QTL)及其候选基因位点,阐明了这些性状的遗传基础,并为揭示这些性状背后的分子机理提供候选基因,也为作物高产优质品种的选育提供了理论依据.该文对GWAS的方法、影响因素及数据分析流程进行了详细描述,以期为相关研究提供参考.