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目的了解南京地区小儿侵袭性肺炎链球菌的分子特征和对常用抗菌药物的耐药率。方法收集2009年1月-2016年12月来自儿童侵袭性肺炎链球菌病患者血液、脑脊液和胸腔积液的78株肺炎链球菌。用K-B纸片法和E-试验法测定其耐药率; PCR和肺炎链球菌荚膜型血清凝集法确定血清型;脉冲场凝胶电泳法分析各血清型菌株的基因组特征;多位点序列分型技术确定序列分型; PCR和凝胶电泳法检测主要的毒力基因。结果肺炎链球菌主要血清型及构成比为19F(20. 51%)、19A(17. 95%)、14(15. 38%)、6B(14. 11%)和23F(11. 54%);对青霉素不敏感的IPD菌株为69. 23%;共检出16种序列分型,毒力基因lyt A、pav A、ply、psa A、spx B在各菌株中均为阳性。结论南京地区侵袭性肺炎链球菌血清型主要为19F、19A、14、6B和23F。儿童肺炎链球菌青霉素耐药性有上升趋势。序列分型表现具有多样性,流行序列分型、特定的血清型与抗生素耐药明显相关。