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洪泽湖为我国五大淡水湖之一，成湖800余年，是淮河流域最大的淡水湖泊和国家级自然保护区，也是我国极为重要并具有代表性的内陆湿地和南水北调东线工程最大的调蓄湖泊。其水生态系统与上游河流来水水量水质、滨湖地区面源污染以及内源污染休戚相关，因此洪泽湖保护重点在于做好上游河流汇水区水污染防治、滨湖地区面源污染控制等水质保护以及水资源合理配置、生态调度等水量保护工作。