罗氏沼虾转录组SSR标记筛选及其与体质量相关性分析

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本研究通过转录组测序对罗氏沼虾SSR标记进行了发掘,获得SSR位点18592个。随机选取了63个SSR位点设计引物并利用10个个体进行多态性位点筛选,共获得31个具有多态的SSR标记,利用其中19个SSR标记对全同胞家系群(FS)119尾虾及孟加拉F3代野生群(MJL)199尾虾的群体遗传多样性进行分析,并对SSR位点与体质量性状进行关联性分析。结果表明:FS群体共检测到40个等位基因,平均等位基因数为2.1053,平均观测杂合度0.4525,平均期望杂合度0.3804,平均多态信息含量0.3076, 处于中度遗传多态水平;MJL群体共检测到65个等位基因,平均等位基因数为3.4211,平均观测杂合度0.4105,平均期望杂合度0.4496,平均多态信息含量0.3882,处于中度遗传多态水平。19个SSR位点与FS群体体质量没有相关性(P>0.05),而在MJL群体中,4个SSR位点与体质量显著相关(P<0.05)。对差异显著的位点进行不同基因型体质量性状的多重比较,MR28位点277/285基因型体质量均值极显著高于277/289、285/285基因型(P<0.01), 显著高于285/289、273/289、270/273、285/293基因型(P<0.05);MR32位点266/266、266/270基因型体质量均值显著高于270/270基因型(P<0.05);MR34位点210/214基因型体质量均值显著高于210/210、214/214基因型(P<0.05);MR45位点174/190基因型体质量均值显著高于182/182、182/190基因型(P<0.05)。研究结果为罗氏沼虾分子标记辅助育种奠定了基础。
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