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为了探讨2种不同表型主刺盖鱼及形态和地理分布差异，采用形态度量学和线粒体基因序列分析方法，从形态和分子水平研究主刺盖鱼不同背鳍表型个体的差异，为珊瑚礁鱼类研究提供了有价值的基础资料．主成分分析表明主刺盖鱼背鳍后缘形态分化与个体大小密切相关外，无其他形态性状分化．基于mtDNACytb和D-loop基因片段的分子变异分析（AMOVA），背鳍圆弧形个体与延长形个体间的分化指数Fst分别为0．97％和1．75％，不同表型个体间的分子遗传差异不显著．综合外部形态特征和mtDNACytb和D-loop基因片段分析结