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近年来，随着国家对水利科研事业重视程度的增加，水利科研单位科研项目和经费也在逐年增加，但同时暴露出来的决策失误和廉政问题也屡屡发生，特别是当前经济成分、利益关系和分配方式日趋多元化，社会上一些消极腐朽思想开始逐渐渗透到水利科研领域，影响到水利科研事业发展，使得加强和完善水利科研单位领导干部经济责任审计迫在眉睫。本文结合审计实践，简要谈谈当前水利科研单位经济责任审计存在的一些现实问题和改进对策。