对官员问责的日趋普遍是本届政府施政的显著特点之一。这是由公共服务型政府的建设目标与体制性障碍的矛盾日益突出决定的。不久前闭幕的全国住房工作会议把市县政府作为“辖区内住房保障、住房供应和房价稳定工作”责任主体，便是典型的例子。
　　可以预计，随着中央政府对地方政府问责的进一步加强，会促使地方政府在政府机构设置上与加强社会管理和公共服务的需要相协调。中国社会管理和公共服务部门的机构设置、职能配置和人员编制比较薄弱，出现了“缺位”或“不到位”的现象。改革最大的挑战将来自于在充实社会管理与公共服务机构的同时，如何进一步收缩、压缩对市场的具体审批职能及其相应管理机构，把政府不该管的事交给市场、企业和社会组织；对于能够通过市场来实现资源优化配置的事情，政府不应再投入机构和编制。
　　在加强对地方政府问责的同时，中央政府层面的机构改革的焦点问题也日益突出。
　　当前，中国政府机构设置过多过细，管理对象与管理事务重叠，机构重叠、职能交叉、协调困难的情况十分普遍，多头管理、政出多门现象十分突出，成为中国政府职能与机构配套改革的重点与难点问题。目前，除国务院办公厅外，国务院共有组成部门28个，特设机构1个、直属机构18个、办事机构4个、部委管理的国家局10个、直属事业单位14个，另外还有100多个议事协调机构，数量多、类型多，分工过细。不少部门职能相近或相似，既造成部门之间的职责交叉、推诿扯皮，又导致职能分散、政出多门，削弱了政府的决策职能，也不利于集中统一管理。如交通运输方面，设有交通部门、铁道部门、民航部门；文化方面，设有文化部门、广电部门、新闻出版部门、文物部门；等等。据不完全统计，目前国务院部门之间有80多项职责交叉。如建设部门与发展改革部门、交通部门、水利部门、铁道部门、国土资源部门等24个部门存在职责交叉。农业产前、产中、产后管理涉及14个部委(局)，等等。
　　传统的让多个部门负责同一项工作的做法，看起来是在加强领导，实际上是减轻了部门应承担的责任。政府机构改革的方向是按照精干、统一、效能的原则，改变目前适应计划经济体制的“小部制”体制，实行综合管理，整合、归并相关、相同或相近的职能，相同或相近的职能尽量由一个部门承担，综合设置政府机构，实行市场经济条件下的“大部制”，使政府部门逐步向“宽职能、少机构”的方向发展，逐步向大农业、大交通、大文化、大科技的管理方式过渡，以切实减少部门职责交叉事项，变部门之间“扯皮”为部门内部协同。市场经济发达国家政府机构设置的惯例是实行“大部制”，中央政府机构普遍在14～20个左右，如美国克林顿任总统时的政府内阁部为14个，日本内阁设1府12省厅；等等。大部制是一种“大职能、宽领域”的政府事务综合管理体制，能够有效避免职能交叉，提高行政效率，便于内部协调，提高社会经济生活的统筹安排能力；同时，也有利于部长承担政治责任与行政责任，有利于责任政府的建设。
　　考虑到机构改革与人员安排的复杂性，中国可逐步推进“大部制”。对部门内部机构设置也应调整思路，归并相近或相关职能，实行“大司局”、“大处室”的做法。
　　另外，决策职能与执行职能不分现象的突出，使决策部门普遍容易受到执行利益的干扰，导致问责更加困难。一些部门集决策和执行于一身，监督流于形式，如发展改革部门既管宏观规划又管具体项目审批，国土资源管理部门既管国土规划又管土地审批和监督，等等。长期下去，容易造成国家利益部门化、部门利益法制化的现象。
　　解决这个问题，就要建立决策、执行与监督适度分离的行政运行机制，将公共服务、行政执法等方面的执行职能分离出来，设立专门的执行机构，作为部委管理的国家局或国务院直属机构，避免有些部门集决策、执行、监督于一身的弊端，形成由决策部门、执行部门、监督部门三大类部门组成的中央政府组织机构总体框架。设立执行机构，可先在服务目标、执法对象和执法程序比较明确、执法法规比较健全的部门进行试点。