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太白山自然保护区大熊猫所面临的威胁代表了野生动物保护的主要问题：栖息地丧失、退化和破碎化、偷猎、不可持续的经济发展方式和保护需求的冲突等。秦岭的大熊猫作为一个独立的种群，本身数量较少，由于区内活动范围的扩大和道路建设，又被分隔成几个小种群。虽然这里被誉为大熊猫的天然庇护所，但如果栖息地退化和破碎化的程度继续加深，使此处大熊猫的命运将岌岌可危。