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鸡球虫病是由艾美耳球虫所引起的一种呈世界性分布的寄生原虫病，给世界养禽业造成巨大的经济损失。传统的病原检测方法费时且不够稳定。近年来，新的分子技术不仅为鸡球虫病的诊断提供了快速、灵敏、特异、稳定的检测方法，而且以其为基础可用来建立可靠的种、株鉴定及耐药株与敏感株间差异分析的方法，为球虫群体生物学、流行病学、疫苗研究及遗传变异和耐药机制的相关研究等提供了重要手段。本文对鸡球虫分子检测技术和遗传变异方面的最新研究进展作一概述。