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利用940对SSR引物，对甜瓜、黄瓜和西瓜三套重组自交系群体的作图亲本DNA进行PCR扩增，分析SSR引物在不同瓜类作物间的通用性与多态性。结果表明，上述SSR引物在甜瓜、黄瓜和西瓜等不同瓜类作物间具有一定的通用性，最小通用率超过24％，说明不同瓜类作物基因组间存在一定的相似性。但瓜类SSR引物的种属特异性很强，能够检测的多态率很低，三套作图亲本之间能够共用的多态性SSR引物比例甚至不足1％。