生物序列拼装欧拉路径算法的Gamma描述及其并行化研究

来源 :小型微型计算机系统 | 被引量 : 0次 | 上传用户：yanhe100

【摘要】

：

序列拼装是生物基因测序的一个重要环节,也是生物信息学重要的研究内容.[2]中将Eulerian路径的方法应用于序列拼接,较好地解决传统序列拼装软件中存在的repeat问题,从而提高

【作者】

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廖文昭童维勤蔡立志

【机构】

：

上海大学

【出处】

：

小型微型计算机系统

【发表日期】

：

2004年4期

【关键词】

：

序列拼装 Gamma模型并行化欧拉路径 sequences assembly gamma modelparallelizationeulerianpath

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序列拼装是生物基因测序的一个重要环节,也是生物信息学重要的研究内容.[2]中将Eulerian路径的方法应用于序列拼接,较好地解决传统序列拼装软件中存在的repeat问题,从而提高序列拼装的精度.但对于该方法的研究目前还只有串行化的实现,拼装速度不够理想.在本文中,我们采用了并行化Gamma模型形式化地描述了用于序列拼装的Eulerian方法,并给出了Gamma程序的并行化实现方案.

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