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实行校院两级财务管理模式的高校,部门预算与校内预算如何紧密衔接,如何提高高校资金的使用效率,进一步体现两级财务管理优势,是摆在此类高校预算管理面前的现实问题。校内预算进一步下沉到院系或职能部门等二级单位,更加加深部门预算与校内预算这一矛盾。本文从部门预算与校内预算的关系着手,分析中央部门与高校、高校与两级财务管理部门之间预算衔接中存在的问题,并提出了相应的改进措施。