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中药化学成分与肠道微环境的相互作用是中药发挥疗效的一个关键环节,相关研究对阐明中药药效物质及其作用机制至关重要,其中涉及中药化学成分、肠道菌群和肠道细胞之间复杂的相互关系.随着多学科理论和技术的发展特别是本草基因组学学科概念的提出,中药化学成分与肠道微环境的相互作用研究也由原来的化学成分生物转化研究、菌群结构和免疫调控研究深入到基因水平,其内容涉及结构和功能基因组、蛋白质组、转录组、代谢组、表观基因组、宏基因组等理论与实验技术.本文对该领域的研究进展进行了综述,并对该领域未来研究的发展方向进行了展望.