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在简要介绍了RNA的基础知识之后,对RNA二级结构的定义、表示方法、数据库等内容进行了详细阐述,并重点探讨了RNA二级结构预测方法的原理、适用范围及优缺点。目前,传统的RNA二级结构预测方法有比较序列分析法和最小自由能算法;新进发展的算法有支持向量机算法、基于堆积协变信息与最小自由能算法、基于局部茎搜索的算法、基于快速动态权重匹配算法、免疫粒子群算法、基于茎区的自由能算法、质心法。经过预测精度、复杂度、预测假节能力的对比,发现基于堆积协变信息与最小自由能算法和基于快速动态权重匹配算法,预测结果比较理想。