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多年来的形态学、染色体组学以及DNA序列几个方面的研究均没有很好地阐明黑腹果蝇种组内的系统发育关系. 本实验测定了33个样品的ND4和31个样品的ND4L基因序列, 以D. obscuroides为外群, 用最大简约法和Bayesian法分别构建进化树. 结果表明两种方法构建的拓扑结构一致, 而且大部分支系的支持率较高. 整个黑腹果蝇种组分成三大谱系: 1) montium种亚组;2) ananassae种亚组;3) Oriental种亚组(melanogaster、 ficsphila、 eugraci