清代的考证学有继承明代考据学的地方，杨慎、焦竑、陈第等的训诂考证学对清代考证学都有一定的贡献。但若从考证学与思想史的关系而论，则明后期与清代的考证训诂学各具特点，而这些特点必须从方法论的预设及个别学者的思想来理解。杨慎提倡汉儒经学以矫时弊，他之所以强调经学及训诂的重要性，是针对当时由陈献章及王阳明所揭起的一股不重读书、空谈性理的学风。杨慎并不以汉、宋经学为两个不兼容的经学系统，他的训诂及考证文章亦非为了要全面打破程朱经学、另奉汉儒为新的经学权威。他虽没有提倡三教合一，但并不排斥道家，更没有视宋代经说为阳儒阴释，必须重新全面研究古音古义始能回复儒家原来的思想面貌。此乃其与清代汉学家重大歧异之处。焦竑是明末少数能欣赏杨慎学术的士人之一。他一方面研究古音，另一方面又鼓吹三教合一的思想。可是他并没有运用训诂及考证的方法以证明他的三教合一主张；他的古音学并非建立在严谨的历史研究方法之上。他的训诂往往是直觉式的，远不如清代汉学家的训诂学与礼教思想有系统性的结合。从杨慎及焦竑的例子而论，明后期的训诂、考证学的发展既非为了打击三教合一的思想，亦非为了推动三教合一的思想运动。汉经学与考证的关系亦与清代乾嘉学者所理解的大异其趣。