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本文应用数据包络分析（DEA）方法对国家软件产业基地运行效率进行评价，结果显示参与评价的24个国家级软件产业基地大多投入产出效率不高，只有6家为DEA有效。通过进一步投影分析发现，非DEA有效软件产业基地效率偏低的主要原因是软件研发经费使用效率不高，人力资源作用发挥不理想。最后，通过引入虚拟决策单元对DEA有效软件产业基地的相对效率做了进一步比较和评价。