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研究型大学创建与其内设学术组织建设是一个高度协同的过程。我国大学内设学术组织按其发展轨迹可分为基本构架期、起步发展期和高速发展与高度分化期，各发展期的内设学术组织具有共性特点。通过对清华大学、北京大学、南京大学、中国政法大学和华中农业大学内设学术组织的典型案例分析，进一步印证了研究型大学内设学术组织的共性特点，并对这5所大学内设学术组织的个性特点进行了比较研究。在此基础上，提出了我国研究型大学内设学术组织创新的基本思路。