基于FPGA的蛋白质二级结构预测算法加速器研究

来源 :2010年全国信息技术与应用学术会议 | 被引量 : 0次 | 上传用户：yumimiteresa

【摘要】

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面向蛋白质二级结构预测领域,基于FPGA平台设计了一种细粒度的GOR算法加速器,采用多端口并行查询策略同时获取当前中心残基计算窗口中的所有信息值;使用流水线的计算方式有效

【作者】

：

雷国庆窦勇郭松

【机构】

：

国防科学技术大学,计算机学院,湖南,长沙,410073

【出处】

：

2010年全国信息技术与应用学术会议

【发表日期】

：

2010年11期

【关键词】

：

生物信息学蛋白质二级结构 GOR算法细粒度并行硬件加速器 FPGA

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面向蛋白质二级结构预测领域,基于FPGA平台设计了一种细粒度的GOR算法加速器,采用多端口并行查询策略同时获取当前中心残基计算窗口中的所有信息值;使用流水线的计算方式有效提高了并行效率.在单片FPGA上的实验结果表明,与运行在Intel E7400双核处理器上的GOR Ⅳ程序相比,可获得超过284倍以上的加速效果和超过240倍的系统性能功耗比.

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